先日リリースされた、Magento-CE-1.4.0.0のバグ修正版・1.4.0.1がリリースされました。

Magento CE Version 1.4.0.1 Stable - Now Available

リリースノートによると、

エラーレポートモジュールの不具合対応
XSS脆弱性対応
Phoenix_Moneybookersのペイメントモジュール同梱
ファイルアップロード関連の不具合対応（多分Flex.js）
Fatal error: Exception thrown without a stack frame in Unknown on line 0　の修正

などが修正内容だそうです。

アップグレードの際は、キャッシュやソースコンパイルをオフにしてから、テスト環境で先に行うようにしてください。
いきなり稼動している環境で実施するのは危険です。