リリースされたばかりのMagento-CE-1.4.0.0ですが、js/lib/flex.jsに不具合があり、ファイルアップロード関係が上手く動かないようです。
対応方法としては、1.3系か、1.4RC1までのflex.jsに置き換えることで動作できるようになります。
本家のバグトラッキングに登録されているので、近いうちに修正されると思いますが、現状ではファイルの置き換えしか対策方法はありません。
HowtoForgeというところでUbuntu9.04環境用のMagentoインストーラスクリプトが配布されています。
This script automates the installation of Magento 1.3.2.3 on Ubuntu 9.0.4 Server and Desktop.
Magento 1.3.2.3 Installer For Ubuntu 9.04
サンプルのスクリプトが公開されていますが、スペイン語向けのようです。
少し書き換えれば日本語やほかの言語用にも転用できそうですね。